ترجع نشأة كلية أصول الدين إلى نشأة المعهد العلمي بأمدرمان عام 1333هـ، الموافق 1912م، حيث تخرّجت أول دفعة فيه عام 1345هـ الموافق 1924م، ومنشأ العلاقة بينهما أن مواد كلية أصول الدين جميعها كانت تدرس بالمعهد لمدة أربع سنوات، وكان خريج المعهد وقتها يعتبر متخصصًا في الدراسات الإسلامية، بدءًا بالقرآن الكريم، والتفسير، وعلوم القرآن، والحديث وعلومه، والفقه، والميراث، والتوحيد. وظلت مواد كلية أصول الدين بعد تحديث معهد أمدرمان العلمي تدرس ضمن مواد كلية الشريعة، وكلية الدراسات العربية والإسلامية.
وفي عام 1394هـ الموافق 1973م قامت كلية الدراسات الإسلامية للتخصص في تدريس مواد أصول الدين، وفي أواسط السبعينات تغيّر اسم الكلية إلى ‹كلية أصول الدين والتربية›، حتى عام 1412هـ الموافق 1991م، حيث انفصلت ‹كلية التربية› وأصبحت كلية مستقلة، وظلت ‹كلية أصول الدين› تحت اسمها الحالي تفرز نتاجها في الدراسات الإسلامية عبر عدد من الأقسام المتخصصة. وفي عام 1421هـ الموافق 2000م تمّ تأسيس قسم للقراءات ليكون إضافة نوعية تثري تخصص الكلية.